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SOFisher: reinforcement learning-guided experiment designs for spatial omics.
Nature communications|2026 May 25|顶级综合/医学|DOI:10.1038/s41467-026-73404-6
呼吸医学
跨领域方法启发
中优先级
开放状态:OA检查失败
强化学习空间组学视野采样实验设计方法迁移
强化学习优化空间组学视野采样,可迁移至肺部研究
为什么值得看提出基于强化学习的FOV采样框架,显著提升空间组学实验效率,方法设计严谨且经多数据集验证。
方法/思路利用强化学习序列历史知识,动态指导下一个FOV位置,最大化捕获感兴趣区域(如病理灶、细胞类型),并通过奖励函数设计适应不同目标(如高表达区域)。
可借鉴到哪里可直接用于肺部组织空间组学或病理切片分析,高效识别肿瘤、纤维化灶及异质性区域,减少密集采样成本。
注意点案例中仅在阿尔茨海默病和结直肠癌数据集上验证,需在呼吸疾病(如ARDS、肺纤维化)空间数据中独立测试其泛化性。
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MiTo: tracing the phenotypic evolution of somatic cell lineages via mitochondrial single-cell multi-omics.
Nature communications|2026 May 25|顶级综合/医学|DOI:10.1038/s41467-026-71607-5
呼吸医学
跨领域方法启发
中优先级
开放状态:OA检查失败
线粒体单细胞谱系追踪谱系进化方法框架肺癌
线粒体单细胞谱系追踪新框架MiTo
为什么值得看提供了一个端到端线粒体单细胞谱系追踪分析框架,方法可迁移至呼吸系统肿瘤及纤维化等体细胞进化研究。
方法/思路提出MiTo框架,整合数据预处理、克隆推断及谱系评估(ARI=0.94),并以乳腺癌时间序列数据验证。
可借鉴到哪里可直接用于肺癌、肺纤维化等呼吸系统疾病的细胞谱系追踪和肿瘤进化分析。
注意点当前系统仅支持粗粒度谱系推断,尚不能高分辨率系统发育分析。
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Metabolic and inflammatory biomarker trajectories after a cancer diagnosis and the risk of cardiovascular diseases.
Nature communications|2026 May 25|顶级综合/医学|DOI:10.1038/s41467-026-73530-1
呼吸医学
跨领域方法启发
中优先级
开放状态:OA检查失败
潜伏类别增长模型生物标志物轨迹合并症风险预测队列研究可迁移方法
癌症中生物标志物轨迹法可迁移至呼吸疾病合并症风险预测
为什么值得看该研究使用潜伏类别增长模型识别癌症患者诊断后的生物标志物变化轨迹,并成功关联后续心血管疾病风险,方法学设计清晰,为呼吸疾病领域提供了可借鉴的轨迹分析框架。
方法/思路核心方法是潜伏类别增长模型(LCGM),用于识别多个生物标志物随时间的变化模式,并通过Cox回归评估轨迹与远期事件风险的关联。
可借鉴到哪里可将该方法迁移至COPD、ARDS或肺纤维化患者,利用炎症或代谢标志物轨迹预测心血管、感染等主要合并症风险,实现动态风险分层。
注意点该队列为癌症人群,呼吸疾病患者中标志物轨迹的类别数量和临床意义需重新验证,且未探讨轨迹背后的生物学机制。
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Decoding sequence determinants of gene expression in diverse cellular and disease states.
Nature methods|2026 May 25|顶级综合/医学|DOI:10.1038/s41592-026-03102-0
呼吸医学
跨领域方法启发
高优先级
开放状态:OA检查失败
基因表达预测单细胞转录组DNA序列模型非编码变异呼吸疾病
Decima模型:从DNA序列预测细胞类型特异性基因表达
为什么值得看该方法能从DNA序列预测细胞类型和疾病状态特异性的基因表达,为解析呼吸疾病中的非编码变异效应和顺式调控机制提供新工具。
方法/思路Decima模型,基于超2200万单细胞RNA-seq数据训练,学习DNA序列与基因表达在特定细胞类型和条件下的映射关系。
可借鉴到哪里可迁移至呼吸领域,构建肺细胞类型(如上皮、巨噬细胞等)特异性基因表达预测模型,用于解析COPD、哮喘、肺纤维化等疾病的遗传调控机制。
注意点摘要未说明模型在罕见细胞类型或小样本场景下的泛化性能,需依赖大规模单细胞数据。
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CNet-Cox for interpretable network biomarker discovery and survival risk scoring in precise breast cancer prognosis.
NPJ digital medicine|2026 May 25|顶级综合/医学|DOI:10.1038/s41746-026-02756-6
呼吸医学
跨领域方法启发
中优先级
开放状态:OA检查失败
网络正则化Cox模型预后标志物跨领域迁移呼吸医学
网络正则化Cox模型助力呼吸疾病预后标志物发现
为什么值得看提出了一个将基因网络先验融入Cox比例风险模型的新框架,在乳腺癌中优于传统方法,且声明可扩展至其他疾病,对呼吸医学多组学预后模型构建有直接借鉴意义。
方法/思路CNet-Cox通过连通网络正则化将基因共定位信息引入稀疏特征选择,自动识别具有生物学结构的预后模块,并生成可解释的风险评分。
可借鉴到哪里可迁移至呼吸疾病(如COPD、肺纤维化、ARDS)基于转录组或影像组学的生存分析,构建融合网络先验的预后模型。
注意点仅在乳腺癌数据验证,呼吸领域需要独立的队列进行外部验证和模型调优。
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Regional heterogeneity in phenotypic and genetic associations between bone and brain in humans.
Nature communications|2026 May 25|顶级综合/医学|DOI:10.1038/s41467-026-73428-y
呼吸医学
跨领域方法启发
高优先级
开放状态:OA检查失败
跨器官研究遗传关联影像遗传学通路富集UK Biobank
大规模影像遗传关联研究可迁移至肺-其他器官系统互作分析
为什么值得看该研究利用UK Biobank约4.5万人的结构与遗传数据系统揭示骨-脑共享遗传架构,其方法高度可迁移至呼吸医学中肺-脑/骨等跨器官关联研究。
方法/思路通过结构影像与全基因组关联分析,结合区域异质性、通路富集及多层级遗传分析(SNP、基因、通路),建立两器官系统间的表型与遗传关联图谱。
可借鉴到哪里可借鉴该方法框架,利用大规模队列影像与遗传数据探索肺与脑、心血管等系统的共享遗传基础,例如肺-脑轴或肺-骨互作。
注意点摘要未说明主要局限,需注意样本仅来自UK Biobank欧洲人群,跨人群普适性待验证。
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Multi expert integrated algorithm for kidney biopsy triage.
NPJ digital medicine|2026 May 25|顶级综合/医学|DOI:10.1038/s41746-026-02724-0
呼吸医学
跨领域方法启发
中优先级
开放状态:OA检查失败
多专家集成临床决策变异性迁移学习肾活检分诊数字医学
多专家集成算法:建模临床决策变异性
为什么值得看该研究针对临床决策中不同医生意见不一致的普遍问题,提出一种保留和集成专家多样化决策模式的方法,对呼吸医学中类似决策场景(如肺活检分诊、机械通气撤机判定)有直接迁移价值。
方法/思路训练多个专家特定模型(同一特征集),通过预定义多数投票框架集成,建模并保留专家决策差异。
可借鉴到哪里可用于构建呼吸专科中专家意见不一致的临床决策支持系统,如肺结节活检必要性判断或ARDS治疗策略推荐。
注意点研究基于肾活检分诊数据集,且需前瞻性验证临床实用性;呼吸医学中应用需重新训练专家模型并验证。
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Explainable machine learning-guided integrated multiomics analysis reveals macrophage-driven immune suppression in breast cancer.
Nature communications|2026 May 25|顶级综合/医学|DOI:10.1038/s41467-026-73617-9
呼吸医学
跨领域方法启发
中优先级
开放状态:OA检查失败
可解释机器学习多组学整合巨噬细胞免疫抑制方法迁移
可解释ML+多组学框架用于免疫微环境解析的方法迁移
为什么值得看提出可解释机器学习结合单细胞、成像质谱、细胞通讯的多组学框架,虽在乳腺癌但方法可迁移至呼吸系统肿瘤或肺纤维化免疫微环境分析。
方法/思路构建可解释机器学习流程,整合METABRIC和TCGA多组学数据,结合IMC和scRNA-seq,通过细胞通讯分析识别HLA-ABChi巨噬细胞与Treg/TEx的免疫抑制互作。
可借鉴到哪里可用于解析呼吸疾病(如COPD、肺纤维化、肺癌)中巨噬细胞亚群与免疫抑制的关联,指导免疫治疗靶点发现。
注意点摘要未说明该方法对呼吸疾病的直接验证,且依赖乳腺癌特异性数据,迁移时需调整免疫标志物和微环境特征。