临床微生物与感染检验前沿｜2026-06-06

为碳青霉烯保留策略提供新证据，空心纤维感染模型可模拟人体药动学评估联合方案动态药效。

采用空心纤维感染模型（HFIM），模拟临床给药方案，在7天内评估联合疗法对携带IMP-4碳青霉烯酶且对CAZ-AVI耐药的大肠杆菌的杀菌效果。

可借鉴HFIM方法对临床微生物实验室中的其他耐药菌联合药敏方案进行体外动态药效评估。

体外模型结果仍需临床研究证实其在体内的适用性。

揭示OXA-48-like变体在哌拉西林-他唑巴坦压力下获得选择性优势，为耐药机制与临床用药选择提供新警示。

通过药敏、稳态动力学、分子建模、晶体结构和DSF蛋白稳定性分析，系统评估R214G取代对多种β-内酰胺类药物水解活性和蛋白质稳定性的影响。

可借鉴其组合动力学与结构生物学方法，用于评估其他耐药酶单点突变的功能变化及其在抗菌药物选择下的潜在传播风险。

结果基于体外实验和分子模拟，尚需临床分离株和体内模型验证。

首次在临床连续分离株中描述染色体fosA6串联多拷贝的体内动态进化，直接关联磷霉素耐药水平，对耐药机制监测和临床治疗有重要启示。

对单个患者27月内5株连续KPC肺炎克雷伯菌进行全基因组测序和药敏分析，追踪fosA6拷贝数变化与磷霉素MIC的关联。

可推广至其他耐药基因的扩增监测，通过纵向临床分离株WGS解析耐药性体内演化的分子机制。

摘要未说明fosA6表达与拷贝数不成比例的原因，需进一步实验验证。

该研究开发了一种可推广的高通量组合药敏试验方法，直接解决当前临床实验室缺乏标准化联合药敏方案的痛点，并发现了MprF突变与头孢唑林增效达托霉素的关联，为治疗DAP-R MRSA菌血症提供新策略。

采用IC99（99%抑菌所需最低浓度）高通量组合药敏测定法，替代传统时间-杀菌曲线，快速筛选有效抗生素组合，并利用基因敲除/回补验证MprF突变的作用。

IC99方法可推广至其他耐药菌（如CRE、VRE）的联合药敏筛选与耐药机制研究，指导临床组合治疗。

研究基于体外实验和有限菌株，缺乏体内验证和更大规模临床样本的评估。

该研究直接评估了新型门诊抗生素使用指标AXR与医生处方及诊断行为的关联，为门诊抗菌药物管理提供了实证依据。

利用医疗系统数据，通过四分位数逻辑回归和加权斯皮尔曼相关分析，量化医生层面AXR与多项处方/诊断指标的相关性。

可借鉴其利用医疗数据集进行医生级别抗生素处方指标相关性分析的方法，用于其他医疗系统门诊抗菌药物管理评估。

摘要未说明

这是中国最大规模侵袭性念珠菌病纵向监测更新，直接展示临床抗真菌耐药演变，对指导经验用药和抗真菌管理有重要预警价值。

采用76家医院的多中心实验室监测网络，结合MALDI-TOF质谱和ITS rDNA测序进行精准菌种鉴定，并通过肉汤微量稀释法完成9种抗真菌药物敏感性测试。

该全国多中心纵向监测设计和菌种鉴定-药敏联合流程可迁移至其他耐药病原体（如CRE、MRSA）的持续流行病学追踪。

摘要未说明不同医院标本送检偏倚及住院患者基础疾病等混杂因素对耐药率的影响。

该研究基于ATLAS全球监测项目，涵盖41国6342株菌，十年数据提供了白色念珠菌耐药趋势和区域差异，为临床经验治疗和耐药监测提供重要参考。

采用标准化药敏监测体系，分析MIC分布、敏感率及时间趋势，并比较不同区域和科室的耐药模式。

可借鉴其监测设计框架，开展本地或特定病区的长期药敏监测项目，辅助制定区域性抗真菌用药指南。

摘要未说明；但需注意监测覆盖不均（欧洲占半），且总体耐药率低，亚组分析效力可能不足。

直接针对耐药真菌C. auris的定植时长这一关键流行病学数据缺口，为优化接触隔离策略提供依据。

单中心前瞻性队列，对ICU转出患者每月进行皮肤拭子PCR+培养双检测，以连续两次阴性定义定植消除。

可借鉴其前瞻性随访设计和双方法检测策略，用于其他耐药病原体的定植动态监测与隔离时长决策。

单中心、样本量较小，且仅针对ICU高流行环境的转出患者，外推至其他场景需谨慎。

该方法展示全基因组测序结合时空距离矩阵构建传播网络，为暴发溯源提供可复制框架，尤其适用于耐药菌或院内感染调查。

利用靶向NGS对162例患者样本测序，通过分子-时间距离矩阵连接高相似序列，构建传播网络并识别亚谱系。

可将此分子时空距离矩阵法迁移至耐药菌（如CRE或MRSA）院内暴发的传播链解析。

摘要未明确说明该方法在大规模常规监测中的成本效益及对低变异病原体的分辨率。

该研究利用多年家庭纵向追踪数据，量化了症状性与无症状霍乱病例的家庭内传播风险，发现两者无显著差异，提示仅治疗有症状患者难以阻断传播，对感染控制策略有直接指导意义。

采用隐马尔可夫模型，整合家庭接触者的血清抗体、细菌培养和症状历史数据，从家庭内和家庭外来源估计每日感染风险，并比较症状性与无症状传播的相对危险度。

该方法可迁移至院内或社区耐药菌（如CRE、MRSA）的无症状传播风险量化，为制定干预措施（如预防性用药、环境消毒）提供流行病学依据。

数据来自孟加拉国特定时期的城市家庭，外推至其他地区或病原体时需谨慎；模型对血清抗体动力学假设较为敏感，可能影响风险估计的精确性。

该研究将宿主生物标志物快速检测与病原测序结合，为发热病因鉴别和隐匿病毒感染监测提供新思路，方法可迁移至其他感染场景。

以MxA快速检测作为初筛，对PCR阴性但MxA阳性样品进行宏基因组/靶向测序，发现漏诊的病毒（如细小病毒B19、Torque teno病毒）。

可借鉴该联合策略用于耐药病原体、医院感染或不明原因发热的快速诊断与流行病学监测。

MxA检测特异性仅70.2%，且样本来自有限疫情人群，普适性待验证。

该研究通过靶向NGS在临床粪便标本中鉴定出非典型隐孢子虫种属，凸显罕见病原体监测的公共卫生价值，方法可拓展至其他临床微生物检测。

采用RT-PCR预筛排除常见种，再结合Sanger测序与tNGS对130例临床标本进行罕见隐孢子虫鉴定，确认C. mortiferum和C. felis为主要非典型种属。

可借鉴其靶向测序流程用于临床标本中罕见病原体的分子流行病学调查与传播链分析。

摘要未说明样本代表性、暴露风险因素及混合感染的可能性，单一地区数据外推需谨慎。

首次明确短链脂肪酸直接抑制白色假丝酵母菌定植的分子机制，为真菌感染预防提供新靶点。

利用Bacteroides thetaiotaomicron突变体与益生元干预，证实SCFA通过抑制己糖摄取和胞内酸化阻碍真菌生长。

可借鉴此代谢重编程机制，研究其他条件致病菌（如艰难梭菌）的定植抵抗策略。

摘要未明确该机制在人体中的验证及临床转化可行性。

展示了定量微生物组分析(QMP)和混杂因素控制在复杂疾病微生物组研究中的关键作用，其方法可直接迁移至感染患者微生物组研究，增强结果可靠性。

利用细菌细胞计数和粪便水分校正的定量微生物组分析，结合多变量混杂控制，在228名MS患者和2860名对照中识别出21个差异菌属，并通过10个发表研究验证。

感染相关微生物组研究可采用此定量分析和混杂校正策略，校正样本处理差异和宿主因素，提升标志物发现的稳健性。

该研究主要针对多发性硬化，其在感染性疾病样本中的直接应用未经验证，且定量方法需依赖细胞计数条件。

通过定制数据库发现传统参考基因组无法捕获的菌株水平基因差异，为感染相关微生物组研究提供新思路。

利用18,000+阴道菌株基因组构建MIDAS兼容的泛基因组数据库，比通用数据库更全面捕捉种内遗传多样性。

类似方法可迁移至肺部、肠道等感染位点的微生物组研究，用于发现与感染或耐药相关的附属基因。

数据库仅针对阴道部位，通用性有限；结果需在其他队列验证。

展示了如何利用机器学习从代谢组中识别抑制病原体的细菌代谢物，机制明确且有临床关联，为开发新型抗感染策略提供思路。

训练机器学习模型分析Lachnospiraceae上清代谢组，筛选出戊酸和丁酸，并通过体外和体内实验验证其通过胞内酸化抑制C. parapsilosis。

可借鉴该方法，从临床菌群代谢组中快速筛选抑制病原体或逆转耐药的候选代谢物，辅助开发抗感染新策略。

主要在HCT患者和小鼠模型验证，需更多临床队列和不同病原体验证通用性。