临床微生物与感染检验

临床微生物与感染检验前沿|2026-06-02

病原体检测、耐药机制、感染流行病学、测序诊断与微生物组。本页由 PubMed 召回、本地预筛和 DeepSeek 价值判断自动生成。

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临床微生物检验

培养、鉴定、药敏、MALDI-TOF、快速诊断、实验室流程和质量控制。

1

A combined ELISA for infection-induced and vaccine-induced mpox antibodies during the clade Ib outbreak in Rwanda: an observational, cross-sectional, clinical validation study.

The Lancet. Infectious diseases|2026 Jun|顶级综合/医学|DOI:10.1016/S1473-3099(26)00006-X
临床微生物与感染检验 临床微生物检验 高优先级 开放状态:OA检查失败 猴痘ELISA干血斑血清学监测暴发应对
猴痘ELISA验证:适用于资源有限地区暴发血清学监测
为什么值得看

在猴痘暴发区域完成了首个基于干血斑的ELISA验证,对感染和疫苗诱导抗体均有良好区分能力,为现场血清学快速诊断提供可行方案。

方法/思路

利用四种免疫优势抗原的ELISA,结合静脉血与干血斑样本,在卢旺达国家参考实验室实现高精度检测,血清与干血斑测量相关性R²=0.84。

可借鉴到哪里

可推广至其他突发感染(如新发呼吸道病毒)的现场血清学监测,尤其适合标本采集与运输困难的资源有限场景。

注意点

摘要未说明该ELISA在区分感染与疫苗接种(两组抗体比值重叠)上的具体cutoff值及交叉反应性评估。

PubMed DOI
2

Clinical and analytical evaluation of a commercial Aspergillus fumigatus real-time PCR assay for the diagnosis of invasive pulmonary aspergillosis in patients with hematological malignancies.

The Journal of infectious diseases|2026 May 31|感染病/流行病核心|DOI:10.1093/infdis/jiag280
临床微生物与感染检验 临床微生物检验 高优先级 开放状态:OA检查失败 qPCR侵袭性肺曲霉病诊断性能临床微生物检验烟曲霉
商业烟曲霉qPCR诊断IPA:不同阳性标准灵敏度和特异性差异显著
为什么值得看

直接评估了商业qPCR在实际临床中对侵袭性肺曲霉病的诊断性能,为实验室流程优化和结果判读提供依据。

方法/思路

回顾性分析153例血液恶性肿瘤患者,比较一次阳性与两次阳性标准下血清和呼吸道标本的灵敏度、特异性,并评估与其它霉菌的交叉反应性。

可借鉴到哪里

类似的研究设计(不同阳性阈值、标本亚组比较及交叉反应测试)可迁移至其他临床微生物分子诊断方法的验证与标准制定。

注意点

单中心回顾性研究,样本量偏小,结果外推受患者人群和标本类型限制。

PubMed DOI
3

How to: the application and analysis of categorical agreement in antimicrobial susceptibility testing using European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing breakpoints.

Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases|2026 Jun|感染病/流行病核心|DOI:10.1016/j.cmi.2025.12.018
临床微生物与感染检验 临床微生物检验 高优先级 开放状态:OA检查失败 临床微生物检验EUCAST药敏试验分类一致性SIR分类
EUCAST新SIR分类下药敏试验一致性评估指南
为什么值得看

EUCAST 2019年修订了SIR分类定义,旧的一致性评估方法不再适用;本文提供了一套系统化的新框架,直接指导临床实验室质量控制和标准操作。

方法/思路

基于EUCAST新版SIR系统(I定义为敏感-增加暴露),重新定义分类一致性的评估原则,修正逻辑矛盾,并调整错误分级标准(如将I组错误从次要升级为主要或极严重)。

可借鉴到哪里

可借鉴其分类一致性分析框架,用于其他折点系统(如CLSI)或新型药敏试验方法的验证与评价。

注意点

分类一致性评估在药敏试验开发中并非常规要求,仅适用于折点评估或材料性能验证等特定场景;且仅基于EUCAST折点,其他系统需适配。

PubMed DOI
4

Monotherapy vs. combination therapy for Enterococcus faecalis bacteraemia: a target trial emulation.

Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases|2026 Jun|感染病/流行病核心|DOI:10.1016/j.cmi.2026.03.018
临床微生物与感染检验 临床微生物检验 高优先级 开放状态:OA检查失败 粪肠球菌血流感染单药治疗目标试验模拟抗菌药物管理临床微生物检验
单药治疗粪肠球菌血流感染不劣于联合
为什么值得看

直接回应临床热点争议,支持抗菌药物管理简化治疗策略,基于多中心真实数据。

方法/思路

利用目标试验模拟方法处理观察性数据,通过加权Cox回归控制混杂,比较单药与联合治疗效果。

可借鉴到哪里

该方法可迁移至检验领域,评估不同检测方案(如快速诊断策略vs标准流程)对患者预后的因果效应。

注意点

观察性设计且样本量有限,可能存在残余混杂,需大样本验证。

PubMed DOI
5

Impact of delayed blood culture bottles incubation on the recovery and detection of microorganisms : Effect of ambient room temperature versus 4°C.

Diagnostic microbiology and infectious disease|2026 Jun|临床微生物核心|DOI:10.1016/j.diagmicrobio.2026.117342
临床微生物与感染检验 临床微生物检验 高优先级 开放状态:OA检查失败 血培养瓶延迟孵育预分析流程假阴性4°C转运BD BACTEC
血培养瓶延迟孵育:4°C优于室温但延迟检出,室温超24h假阴性风险高
为什么值得看

为临床实验室预分析流程优化提供直接循证证据,指导延迟孵育血培养瓶的处理策略。

方法/思路

模拟血培养瓶在室温(RT)和4°C下延迟2-72小时再上机,比较11种常见血流感染病原体的回收率、假阴性率和阳性检出时间。

可借鉴到哪里

实验室可据此制定应急预案:室温延迟超24h的瓶建议行革兰染色和传代,4°C暂存虽不降低回收率但会延迟报告。

注意点

研究使用模拟菌液注入阴性瓶,未评估真实临床标本中的复杂菌群和低载量感染。

PubMed DOI
6

Automated urine yeast-like cell count for risk stratification in ICU patients: Diagnostic performance and clinical utility.

Diagnostic microbiology and infectious disease|2026 Jun|临床微生物核心|DOI:10.1016/j.diagmicrobio.2026.117326
临床微生物与感染检验 临床微生物检验 中优先级 开放状态:OA检查失败 自动化尿液分析酵母样细胞计数念珠菌尿ICU快速筛查
自动化尿酵母计数快速筛查ICU念珠菌尿风险
为什么值得看

利用常规尿液分析仪实现酵母样细胞计数,比传统培养提前约12天,成本低、可操作性强,有临床实用价值。

方法/思路

使用Sysmex UF-1000i自动分析仪进行酵母样细胞计数(YLCC),建立>1.35 cells/μL的最佳阈值用于ICU患者念珠菌尿风险分层。

可借鉴到哪里

可迁移至其他体液样本(如痰液、胸腹水)的酵母或细菌快速筛查,或用于自动化计数其他病原体。

注意点

回顾性单中心设计,特异度仅54.3%,需前瞻性多中心验证。

PubMed DOI

耐药与抗菌药物

AMR、耐药机制、耐药基因、抗菌药物管理和耐药监测。

7

Droplet microfluidics with image texture quantification for detection of rare antibiotic-resistant subpopulations from bloodstream infections.

NPJ digital medicine|2026 May 30|顶级综合/医学|DOI:10.1038/s41746-026-02808-x
临床微生物与感染检验 耐药与抗菌药物 高优先级 开放状态:PMC全文 异质性耐药液滴微流控图像纹理快速AST血流感染
液滴微流控+图像纹理快速检测血流感染稀有耐药亚群
为什么值得看

提出一种数字表型新方法,首次将液滴微流控与图像纹理分析结合,实现12-30小时内检测频率低至10^-6的异质性耐药亚群,显著快于传统PAP试验。

方法/思路

将单细菌包裹于含抗生素的微液滴中,通过高内涵成像提取液滴内细菌生长的纹理特征,以机器学习分类识别稀有耐药亚群。

可借鉴到哪里

可开发为临床快速AST平台,特别用于血流感染标本中异质性耐药的常规筛查和精准抗生素选择。

注意点

摘要未说明

PubMed DOI开放全文
8

Future-proofing tuberculosis therapy: framework for concurrent drug and resistance testing development.

The Lancet. Infectious diseases|2026 Jun|顶级综合/医学|DOI:10.1016/S1473-3099(25)00547-X
临床微生物与感染检验 耐药与抗菌药物 高优先级 开放状态:OA检查失败 结核耐药检测药物开发AMR监测框架
同步开发耐药检测与新型抗结核药物,保障疗效持久
为什么值得看

提出耐药检测工具应与新药开发同步推进的框架,直接回应了床达喹啉等新型抗结核药物快速耐药的紧迫挑战,对临床微生物检验和AMR监测策略具有重要指导价值。

方法/思路

构建整合药敏测试与抗结核新药开发的路线图,包括早期耐药谱分型、流行病学折点定义,并强调药物开发者、诊断制造商、监管机构等主体间的结构化合作。

可借鉴到哪里

该框架可推广至其他抗菌药物(如碳青霉烯类、多黏菌素类)的研发与配套耐药检测工具同步开发,提升临床耐药监测的预见性。

注意点

摘要未说明该框架在实际推广中可能面临的数据共享壁垒或跨机构协作的成本与法律障碍。

PubMed DOI

感染流行病学与监测

院感、暴发调查、传播链、病原谱、公共卫生监测和多中心队列。

9

Genomic characterization of the emerging multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae ST6668 clone in northern Italy, 2020-2025.

Microbiology spectrum|2026 Jun 01|临床微生物核心|DOI:10.1128/spectrum.03499-25
临床微生物与感染检验 感染流行病学与监测 高优先级 开放状态:OA检查失败 NDM肺炎克雷伯菌ST6668基因组流行病学医院传播碳青霉烯耐药
新ST6668克隆在意大利北部医院间早期传播的基因组证据
为什么值得看

首次揭示新出现的多重耐药肺炎克雷伯菌ST6668克隆在官方报告前已在米兰多家医院流行,并与高危险克隆ST147紧密相关,为早期监测和干预提供关键线索。

方法/思路

采用全基因组测序、核心SNP系统发育分析、混合组装和原噬菌体鉴定,追溯克隆起源及其与ST147的进化关系,并发现不同医院间的系统发育簇提示交叉传播。

可借鉴到哪里

该方法可直接迁移至其他新兴耐药克隆的早期监测,通过回顾性WGS结合前瞻性采样,在区域/国家层面识别隐藏传播链。

注意点

研究仅涵盖意大利北部三家医院,且未明确ST6668的原始起源,需更大范围、更长时段的基因组流行病学验证。

PubMed DOI
10

Glucocorticoid use and candidemia: results from a nationwide case-control study.

Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases|2026 May 30|感染病/流行病核心|DOI:10.1016/j.cmi.2026.05.033
临床微生物与感染检验 感染流行病学与监测 高优先级 开放状态:OA检查失败 念珠菌血症糖皮质激素感染流行病学剂量依赖风险因素
糖皮质激素使用增加念珠菌血症风险,呈剂量依赖性
为什么值得看

全国性14年大样本病例对照研究,首次系统揭示口服糖皮质激素与念珠菌血症的剂量-反应关系,为临床真菌感染风险分层提供高质量流行病学证据。

方法/思路

基于全国注册数据库的巢式病例对照设计,根据90天内累积泼尼松等效剂量分层,并针对念珠菌种类和基础疾病进行亚组分析。

可借鉴到哪里

可借鉴其利用真实世界处方数据、剂量分层和亚组分析的框架,评估其他免疫抑制剂或抗菌药物暴露与特定病原体感染的关联。

注意点

摘要未说明

PubMed DOI
11

The role of viridans streptococci and anaerobic bacteria of the oral cavity in paediatric parapneumonic pleural effusions/empyema-a nationwide hospital-based surveillance study.

Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases|2026 Jun|感染病/流行病核心|DOI:10.1016/j.cmi.2025.12.025
临床微生物与感染检验 感染流行病学与监测 中优先级 开放状态:OA检查失败 儿科脓胸口腔链球菌厌氧菌经验性抗菌治疗多中心监测
口腔共生菌在儿童脓胸中临床意义重大,需重视抗厌氧菌覆盖
为什么值得看

基于十年全国监测数据,揭示口腔链球菌和厌氧菌在儿童脓胸中的流行病学地位及独特临床特征,对经验性抗菌治疗有直接提示。

方法/思路

全国多中心医院监测设计,收集1242例儿童脓胸数据,采用多变量回归比较VS/AA菌群与经典病原体组的临床特征。

可借鉴到哪里

可借鉴此多中心监测设计,系统评估非经典病原体在特定感染综合征中的构成比和临床影响。

注意点

摘要未说明是否所有病例均进行厌氧培养或分子检测,可能低估VS/AA的真实检出率。

PubMed DOI
12

Tumour necrosis factor-α inhibitors, immune-mediated inflammatory diseases, and bloodstream infections: results from a nationwide case-control study.

Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases|2026 Jun|感染病/流行病核心|DOI:10.1016/j.cmi.2026.02.005
临床微生物与感染检验 感染流行病学与监测 高优先级 开放状态:OA检查失败 血流感染TNF抑制剂感染流行病学病例对照研究病原体分层
全国性研究:TNF抑制剂增加血流感染风险,且因病原体而异
为什么值得看

大规模全国性病例对照研究(17万+病例)直接评估TNF抑制剂与血流感染的关联,并按病原体种类和基础疾病进行分层,对临床感染监测和个体化风险评估有重要参考价值。

方法/思路

利用全国注册数据库,采用条件逻辑回归,按病原体(如大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌等)和TNF抑制剂类型分别计算调整后OR值,同时分析基础疾病(如IBD)的修饰效应。

可借鉴到哪里

可借鉴其大规模真实世界数据+病原体分层分析的设计,用于评估其他免疫调节药物或治疗手段对不同病原体感染风险的影响。

注意点

观察性研究无法完全排除残余混杂因素(如疾病活动度),且暴露定义依赖于处方记录,可能低估实际用药。

PubMed DOI

测序与分子诊断

mNGS、WGS、nanopore、PCR、多重检测、分子分型和系统发育分析。

13

Next generation sequencing approaches for the detection and characterization of enteroviruses in clinical, public health, and research settings: Expert view of the European non-polio enterovirus network (ENPEN).

Journal of clinical virology : the official publication of the Pan American Society for Clinical Virology|2026 Jun|临床微生物核心|DOI:10.1016/j.jcv.2026.105940
临床微生物与感染检验 测序与分子诊断 高优先级 开放状态:OA检查失败 肠病毒NGS基因组流行病学临床微生物诊断专家共识
肠病毒NGS检测共识:标准化流程与基因组监测
为什么值得看

提供了肠病毒NGS检测与表征的标准化工作流程和生物信息学分析框架,对临床微生物测序诊断和基因组流行病学监测有直接指导意义。

方法/思路

采用NGS全基因组测序替代传统5'UTR PCR和VP1分型,结合生物信息学实现病毒全基因组分析、流行病学监测和暴发调查。

可借鉴到哪里

借鉴其标准化湿实验和干实验流程设计,可推广适用于细菌、真菌等其他病原体的临床测序诊断与耐药监测。

注意点

摘要未说明具体局限,但共识基于专家讨论,标准化和实验室可及性仍是主要待解决问题。

PubMed DOI

微生物组与宿主互作

肠道菌群、肺部微生物组、菌群失调、宿主免疫和代谢物。

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Remodelling of cystic fibrosis respiratory microbiota in response to extended elexacaftor-tezacaftor-ivacaftor therapy.

Microbiome|2026 May 30|临床微生物核心|DOI:10.1186/s40168-026-02440-7
临床微生物与感染检验 微生物组与宿主互作 高优先级 开放状态:OA检查失败 囊性纤维化呼吸道微生物组CFTR调节剂抗生素协变量纵向队列
ETI长期治疗重塑CF呼吸道菌群,揭示抗生素交互影响
为什么值得看

首次报告ETI长期治疗对CF呼吸道菌群的影响,揭示大环内酯类抗生素与调节剂治疗的拮抗作用,设计严谨,对感染微生物组研究有参考价值。

方法/思路

多中心纵向队列(276人,3年)结合Kruskal-Wallis、PERMANOVA等统计方法分析菌群变化及抗生素协变量。

可借鉴到哪里

该多中心纵向微生物组设计及抗生素协变量分析方法可迁移至其他呼吸道感染或耐药相关微生物组研究。

注意点

未评估真菌微生物组及菌株水平演化,需进一步验证。

PubMed DOI
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Microbiome research in practice: priorities for clinical translation and impact.

Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases|2026 Jun|感染病/流行病核心|DOI:10.1016/j.cmi.2026.01.021
临床微生物与感染检验 微生物组与宿主互作 高优先级 开放状态:OA检查失败 微生物组临床转化多组学菌株水平优先事项
微生物组临床转化三大优先事项:科学、实践与参与
为什么值得看

直接聚焦微生物组临床转化,提供多组学、菌株水平及监管框架,为诊断和干预研究指明方向。

方法/思路

综述提出科学可信度、实践可行性和利益相关者参与三大优先领域,强调多组学与菌株水平动态监测及临床终点基准化。

可借鉴到哪里

可借鉴其多组学与菌株水平动态监测框架设计微生物组相关诊断和干预研究。

注意点

作为综述,未提供具体实证数据,需结合原始研究验证。

PubMed DOI
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Rethinking probiotics: breaking the Lactobacillus-Bifidobacterium duopoly in the management of dysbiosis and allergies.

Gut microbes|2026 Dec 31|临床微生物核心|DOI:10.1080/19490976.2026.2673679
临床微生物与感染检验 微生物组与宿主互作 中优先级 开放状态:OA检查失败 益生菌功能驱动微生态干预菌群恢复免疫调节
打破益生菌双寡头:功能驱动精准干预
为什么值得看

本综述系统批判了益生菌领域过度依赖乳杆菌和双歧杆菌的范式,提出基于微生态功能和免疫靶点的精准干预新方向,对感染后菌群恢复及耐药菌定植抵抗研究具有方法学启发。

方法/思路

从物种补充转向功能驱动的微生态干预策略,强调根据宿主微生态特征和免疫终点的生物学信息选择活性物质。

可借鉴到哪里

可借鉴该功能驱动思路,设计针对感染后菌群失调或耐药菌定植的微生态干预实验,采用靶向代谢或免疫调节功能的候选菌株。

注意点

作为观点综述,缺乏具体实验验证,临床转化需更多机制与人群数据支持。

PubMed DOI