临床微生物与感染检验

临床微生物与感染检验前沿|2026-06-01

病原体检测、耐药机制、感染流行病学、测序诊断与微生物组。本页由 PubMed 召回、本地预筛和 DeepSeek 价值判断自动生成。

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临床微生物检验

培养、鉴定、药敏、MALDI-TOF、快速诊断、实验室流程和质量控制。

1

British Society for Medical Mycology best practice recommendations for the diagnosis of serious fungal diseases: 2025 update.

The Lancet. Infectious diseases|2026 Jun|顶级综合/医学|DOI:10.1016/S1473-3099(25)00550-X
临床微生物与感染检验 临床微生物检验 高优先级 开放状态:OA检查失败 真菌诊断非培养检测临床微生物抗真菌管理指南更新
2025英国真菌诊断指南更新:非培养检测成主流
为什么值得看

该指南系统更新了真菌感染的非培养诊断方法,并整合抗真菌管理,对临床微生物实验室优化诊断流程有直接指导意义。

方法/思路

推荐使用PCR、β-D-葡聚糖检测、抗原抗体检测等非培养方法,同时强调诊断与抗真菌管理结合,形成可审计的质量改进标准。

可借鉴到哪里

可参照其多方法整合和可审计标准设计,优化本院真菌诊断路径与抗菌药物管理联动。

注意点

主要针对英国成人实践,虽讨论儿童和全球适用性,但需谨慎推广。

PubMed DOI
2

Beat the clock: One-hour diagnostics of emerging viral threats using fast molecular approaches.

Diagnostic microbiology and infectious disease|2026 Jun|临床微生物核心|DOI:10.1016/j.diagmicrobio.2026.117319
临床微生物与感染检验 临床微生物检验 高优先级 开放状态:OA检查失败 快速分子诊断CPA猴痘病毒登革病毒应急诊断
一小时快速分子诊断助力新发病毒感染确诊
为什么值得看

直接展示快速分子诊断在非流行地区对新发病毒(猴痘、登革病毒)早期识别和感染防控的关键价值,体现临床微生物检验的核心作用。

方法/思路

采用靶向交叉引物扩增(CPA)和多重分子panel,在约1小时内检测病毒核酸,急性期灵敏度显著优于血清学。

可借鉴到哪里

可借鉴在非流行地区建立基于快速分子检测的应急诊断流程,应用于其他新发或再发病原体的早期识别。

注意点

摘要未说明局限,需注意仅为两例病例报告,推广前需更大样本验证。

PubMed DOI
3

Clinical relevance of follow-up blood cultures in patients with Streptococcus and Enterococcus species bacteremia.

Diagnostic microbiology and infectious disease|2026 Jun|临床微生物核心|DOI:10.1016/j.diagmicrobio.2026.117323
临床微生物与感染检验 临床微生物检验 高优先级 开放状态:OA检查失败 菌血症链球菌肠球菌随访血培养诊断管理
链球菌与肠球菌菌血症无需常规随访血培养
为什么值得看

直接评估了常见病原体菌血症中随访血培养的临床价值,为诊断管理策略提供证据支撑。

方法/思路

回顾性队列研究(2016-2021),分析458例菌血症患者中FUBC阳性的频率、临床结局及治疗变更。

可借鉴到哪里

可推广至其他病原体(如革兰阴性菌)菌血症的FUBC必要性评估,以优化血培养检测流程。

注意点

单中心回顾性设计,可能遗漏少数从FUBC中获益的亚组患者。

PubMed DOI
4

Impact of HbA1c levels on time to blood culture positivity in bacterial bloodstream infections.

Diagnostic microbiology and infectious disease|2026 Jun|临床微生物核心|DOI:10.1016/j.diagmicrobio.2026.117343
临床微生物与感染检验 临床微生物检验 高优先级 开放状态:OA检查失败 HbA1c血培养阳性时间血流感染风险分层临床微生物检验
HbA1c可辅助评估血培养阳性时间及预后
为什么值得看

血培养阳性时间(TTP)是早期微生物标志物,本文揭示HbA1c与其显著关联,为微生物检验结果的风险分层提供新指标。

方法/思路

回顾性分析904例ICU疑似血流感染患者,根据入院HbA1c分组,比较主要病原菌的TTP差异及28天死亡率。

可借鉴到哪里

在血培养结果报告中纳入患者HbA1c信息,可提升TTP的临床解释价值和早期风险预警能力。

注意点

单中心回顾性设计,且缺乏血糖动态监测数据,因果推断需谨慎。

PubMed DOI
5

Evaluation of a modified 2-step diagnostic algorithm for human immunodeficiency virus type 1 utilizing an HIV-1/2 antigen/antibody immunoassay screen and an HIV nucleic acid amplification test.

Journal of clinical virology : the official publication of the Pan American Society for Clinical Virology|2026 Jun|临床微生物核心|DOI:10.1016/j.jcv.2026.105947
临床微生物与感染检验 临床微生物检验 中优先级 开放状态:OA检查失败 HIV诊断诊断算法NAAT流程优化实验室诊断
HIV诊断算法优化:NAAT替代抗体确认可行
为什么值得看

评估了用核酸扩增测试替代抗体确认的简化HIV诊断流程,为实验室流程优化提供参考。

方法/思路

对比标准两步算法(Ag/Ab筛查→抗体确认→NAAT)与替代算法(Ag/Ab筛查→NAAT)的一致性和周转时间。

可借鉴到哪里

该方法可迁移至其他病原体(如HBV、HCV)或耐药检测流程的优化评估。

注意点

不一致结果可能遗漏既往治疗患者,且样本仅来自两个实验室,外推需谨慎。

PubMed DOI
6

MALDI-TOF misidentification of Sanguibacteroides justesenii: confirmation by 16S rRNA sequencing.

Diagnostic microbiology and infectious disease|2026 Jun|临床微生物核心|DOI:10.1016/j.diagmicrobio.2026.117325
临床微生物与感染检验 临床微生物检验 中优先级 开放状态:OA检查失败 MALDI-TOF MS16S rRNA测序罕见菌鉴定菌血症鉴别误差
MALDI-TOF误鉴定罕见厌氧菌,16S测序纠正
为什么值得看

报道MALDI-TOF对罕见厌氧菌S. justesenii的误鉴定,提示数据库局限性及分子确认的必要性,对临床微生物检验有警示价值。

方法/思路

当MALDI-TOF鉴定结果与临床不符时,应转参考中心进行16S rRNA基因测序确认,避免误诊。

可借鉴到哪里

可借鉴此流程,建立本单位罕见菌或低分值鉴定结果的分子复核机制。

注意点

仅为个案报告,该菌临床意义尚不明确,推广结论需更多病例支持。

PubMed DOI
7

Human parechovirus infection in neonates and young infants: Clinical features, diagnostic challenges, and neurodevelopmental outcomes.

Journal of clinical virology : the official publication of the Pan American Society for Clinical Virology|2026 Jun|临床微生物核心|DOI:10.1016/j.jcv.2026.105945
临床微生物与感染检验 临床微生物检验 高优先级 开放状态:OA检查失败 HPeV感染新生儿分子诊断RT-PCR诊断策略
新生儿HPeV感染诊断挑战:分子检测优于常规指标
为什么值得看

该综述聚焦新生儿HPeV感染的诊断难点,指出常规CSF和炎症指标常正常,分子检测(RT-PCR)是关键,对临床微生物实验室优化检测策略有直接指导意义。

方法/思路

综述系统总结了基于RT-PCR的分子诊断方法在新生儿HPeV感染中的应用,强调血液检测比单独CSF检测更敏感,并指出神经影像学(MRI)对预后评估的价值。

可借鉴到哪里

可借鉴其思路,在新生儿败血症样病例中常规纳入HPeV分子检测,以减少不必要的抗生素使用并指导神经发育随访。

注意点

综述基于现有文献,但缺乏大规模前瞻性数据支持最优诊断策略,且未涉及具体检测流程对比。

PubMed DOI
8

Characterizing diagnostic heterogeneity in UTI diagnosis in resource-limited settings: Comparing clinical practice with a Delphi consensus criteria.

Diagnostic microbiology and infectious disease|2026 Jun|临床微生物核心|DOI:10.1016/j.diagmicrobio.2026.117324
临床微生物与感染检验 临床微生物检验 中优先级 开放状态:OA检查失败 UTI资源有限环境诊断一致性Delphi共识抗菌药物管理
UTI临床判断与结构化标准一致性极低,凸显诊断优化空间
为什么值得看

直接揭示资源有限环境下UTI临床诊断过度依赖主观判断,为诊断管理(diagnostic stewardship)提供实证基础。

方法/思路

回顾性比较1798份病例的常规临床诊断与基于Delphi共识的结构化标准(症状、体温、镜下脓尿),用Cohen's kappa评价一致性。

可借鉴到哪里

可推广至其他感染性疾病的诊断一致性评估,指导制定适合本地条件的临床决策规则。

注意点

结构化标准未包含所有可及参数(如非菌尿检验),且为回顾性设计,需前瞻性验证。

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耐药与抗菌药物

AMR、耐药机制、耐药基因、抗菌药物管理和耐药监测。

9

Meropenem and fosfomycin against Klebsiella pneumoniae: Towards a combination breakpoint using a pharmacometric approach.

Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases|2026 Jun|感染病/流行病核心|DOI:10.1016/j.cmi.2026.02.024
临床微生物与感染检验 耐药与抗菌药物 高优先级 开放状态:OA检查失败 美罗培南磷霉素联合折点PK/PD建模肺炎克雷伯菌
药效学建模为KPC肺炎克雷伯联合折点提供依据
为什么值得看

直接针对多重耐药肺炎克雷伯的联合药敏折点制定,临床微生物及抗菌药物管理价值明确。

方法/思路

采用非线性混合效应PK/PD模型,整合MIC协变量,模拟体内药动学,评估联合用药方案的目标达成概率。

可借鉴到哪里

此药效学建模方法可推广至其他抗菌药联合方案的折点推导与剂量优化。

注意点

基于体外动态模型与人群药动学模拟,尚需临床验证。

PubMed DOI
10

Impact of doxycycline post-exposure prophylaxis on Neisseria gonorrhoeae antimicrobial resistance to doxycycline and ceftriaxone in Milan, Italy.

Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases|2026 May 29|感染病/流行病核心|DOI:10.1016/j.cmi.2026.05.029
临床微生物与感染检验 耐药与抗菌药物 高优先级 开放状态:OA检查失败 DoxyPEP淋病奈瑟菌头孢曲松耐药性真实世界
DoxyPEP可能增加淋球菌对头孢曲松敏感性降低风险
为什么值得看

真实世界队列提示DoxyPEP在降低STI的同时,可能选择淋球菌对头孢曲松敏感性降低,对临床和抗菌药物管理有直接警示。

方法/思路

回顾性队列,利用GEE逻辑回归(含Firth校正)评估DoxyPEP暴露与淋病奈瑟菌MIC及耐药表型的关联,并校正年龄、HIV、PrEP、既往STI等混杂。

可借鉴到哪里

该分析框架可直接用于评估其他抗生素暴露后预防措施对目标病原体耐药性的影响,指导抗菌药物管理政策。

注意点

单中心、99%为男性,多重比较校正后仅头孢曲松敏感性降低关联显著,且未出现完全耐药株,结论外推需谨慎。

PubMed DOI

感染流行病学与监测

院感、暴发调查、传播链、病原谱、公共卫生监测和多中心队列。

11

Fomite transmission of Mycobacterium abscessus between severely disabled patients.

Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases|2026 Jun|感染病/流行病核心|DOI:10.1016/j.cmi.2026.02.029
临床微生物与感染检验 感染流行病学与监测 高优先级 开放状态:OA检查失败 院内感染非结核分枝杆菌全基因组测序污染传播暴发溯源
基因组流行病学揭示M. abscessus经污染物间接传播
为什么值得看

本研究通过全基因组测序与环境采样相结合,清晰描绘了院内M. abscessus暴发的污染物传播链,为临床微生物实验室的暴发溯源提供了可复用的分析框架。

方法/思路

基于24.5 SNV阈值定义亚克隆簇,整合临床与环境分离株的基因组数据,建立传播网络并识别污染源(如手推车)。

可借鉴到哪里

可直接用于其他院内耐药病原体(如CRE、MRSA)的传播链追踪,推广环境-临床联合测序的暴发调查模式。

注意点

仅7例患者、单一医院,样本量较小,环境采样可能存在选择偏倚。

PubMed DOI
12

Global trends in norovirus genotype distribution among medically attended children with acute gastroenteritis, 2020-2025.

Journal of clinical virology : the official publication of the Pan American Society for Clinical Virology|2026 Jun|临床微生物核心|DOI:10.1016/j.jcv.2026.105949
临床微生物与感染检验 感染流行病学与监测 高优先级 开放状态:PMC全文 诺如病毒基因型分布全球监测儿童急性胃肠炎疫苗指导
诺如病毒基因型全球分布趋势:GII.4主导,GII.17崛起
为什么值得看

基于NoroSurv全球监测网络的近期数据,为儿童诺如病毒疫苗研发和感染控制提供关键基线信息。

方法/思路

多国实验室通过统一平台上传诺如病毒序列,系统分配基因型/株型,分析2020-2025年时空分布变化。

可借鉴到哪里

可借鉴其全球多中心监测+序列分析的协作模式,用于其他病原体(如耐药菌)的分子流行病学监测。

注意点

摘要未说明

PubMed DOI开放全文
13

Burden of respiratory syncytial virus and influenza in adults - a Danish nationwide cohort study.

Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases|2026 Jun|感染病/流行病核心|DOI:10.1016/j.cmi.2026.03.011
临床微生物与感染检验 感染流行病学与监测 高优先级 开放状态:OA检查失败 RSV流感疾病负担队列研究疫苗接种策略
丹麦全国队列揭示RSV在成人中负担堪比流感
为什么值得看

该研究基于丹麦12年全国注册数据,系统量化了RSV和流感在成人中的短期及长期临床和经济负担,为RSV疫苗策略提供了直接流行病学证据。

方法/思路

采用全国匹配队列设计,将ARI患者与未暴露者1:3匹配,比较365天内的临床结局和医疗资源使用及成本。

可借鉴到哪里

可借鉴其大规模匹配队列设计,用于评估其他呼吸道病原体(如新冠病毒、副流感病毒)的疾病负担及医疗资源影响。

注意点

研究为观察性设计,可能受残余混杂影响;RSV病例数相对流感较少,亚组分析有限。

PubMed DOI

测序与分子诊断

mNGS、WGS、nanopore、PCR、多重检测、分子分型和系统发育分析。

14

Advances and challenges in the application of metagenomic sequencing for the diagnosis and treatment of infectious diseases: from pathogen spectrum identification to personalized antimicrobial strategies.

Diagnostic microbiology and infectious disease|2026 Jun|临床微生物核心|DOI:10.1016/j.diagmicrobio.2026.117321
临床微生物与感染检验 测序与分子诊断 高优先级 开放状态:OA检查失败 宏基因组测序感染诊断耐药监测人工智能整合临床实践
综述mNGS在感染诊断及耐药监测中的临床应用与挑战
为什么值得看

系统总结了mNGS在神经、呼吸、血流感染等关键场景的临床价值,并讨论了耐药监测和AI整合的未来方向,对指导精准诊疗有直接参考意义。

方法/思路

非靶向宏基因组测序(mNGS)实现广谱病原鉴定及耐药基因功能注释,并与人工智能、多组学及医疗信息系统整合,推动个性化抗感染策略。

可借鉴到哪里

可借鉴其标准化分析流程与AI整合思路,优化本领域mNGS检测的灵敏度与结果判读。

注意点

综述基于现有文献,未提供具体前瞻性研究或临床验证数据,局限性需结合原始研究评估。

PubMed DOI
15

Optimized De novo assembly of Haemophilus influenzae using oxford nanopore sequencing without short-read data on a graphical user interface-based galaxy platform: Accurate detection of MLST, PBP3 mutations, and phylogenetic clustering.

Diagnostic microbiology and infectious disease|2026 Jun|临床微生物核心|DOI:10.1016/j.diagmicrobio.2026.117336
临床微生物与感染检验 测序与分子诊断 高优先级 开放状态:OA检查失败 Oxford NanoporeGalaxyMLSTPBP3临床微生物
纯Nanopore组装准确鉴定H.influenzae分型与耐药突变
为什么值得看

验证了仅依赖Nanopore长读段即可准确完成细菌基因组组装、MLST分型、PBP3突变检测和系统发育分析,摆脱对短读数据的需求,为临床实验室简化测序流程提供参考。

方法/思路

在Galaxy平台上使用Nanopore R10.4.1数据,经Dorado超级准确碱基识别、Flye组装和Medaka抛光,错误率仅0.0007%,MLST和PBP3突变检测与混合组装完全一致。

可借鉴到哪里

可借鉴此无需短读校正的GUI工作流,用于其他临床病原体的快速分型和耐药基因检测,降低对计算资源和人员技能的要求。

注意点

仅针对流感嗜血杆菌单一菌种验证,R9.4.1芯片效果不佳,且需多中心研究确认普适性。

PubMed DOI
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Rapid diagnosis of a mixed pulmonary infection with Rhizopus microsporus, Aspergillus fumigatus, Pneumocystis jirovecii, and Cytomegalovirus in a Lymphoma patient using metagenomic next-generation sequencing: A case report.

Diagnostic microbiology and infectious disease|2026 Jun|临床微生物核心|DOI:10.1016/j.diagmicrobio.2026.117320
临床微生物与感染检验 测序与分子诊断 中优先级 开放状态:OA检查失败 mNGS混合感染免疫功能低下肺部感染快速诊断
mNGS快速诊断淋巴瘤患者4种病原体混合肺部感染
为什么值得看

该案例展示mNGS在免疫功能低下患者中可一次性检出传统培养无法发现的多种病原体(真菌、病毒、肺孢子菌),为临床及时调整抗感染方案提供关键依据。

方法/思路

对BALF标本进行宏基因组二代测序(mNGS),48小时内同步鉴定Rhizopus microsporus、Aspergillus fumigatus、Pneumocystis jirovecii、巨细胞病毒及SARS-CoV-2。

可借鉴到哪里

在疑似混合感染或传统检查阴性的免疫缺陷患者中,可考虑将mNGS作为一线快速诊断工具以弥补培养的局限性。

注意点

病例报告样本量仅1例,且患者最终因重度免疫缺陷治疗无效,提示mNGS阳性结果仍需临床综合判断,摘要未说明假阳性/成本问题。

PubMed DOI