病原体检测、耐药机制、感染流行病学、测序诊断与微生物组。本页由 PubMed 召回、本地预筛和 DeepSeek 价值判断自动生成。
培养、鉴定、药敏、MALDI-TOF、快速诊断、实验室流程和质量控制。
首次大规模评估舌拭子联合近即时分子检测诊断结核，有望变革标本采集方式，降低生物安全风险。
使用舌拭子替代痰标本进行LyocartE分子检测，与Xpert Ultra和培养对照，评估诊断准确性。
可借鉴舌拭子采样思路探索其他呼吸道病原体（如COVID-19、流感）的快速分子诊断。
研究未纳入无症状和少菌人群，需进一步验证真实世界表现。
首次系统量化了资源有限实验室中替代培养基在AST中的诊断误差风险，为优化流程和提升结果可靠性提供直接证据。
采用7种培养基对9种标准菌株和8种抗生素进行Kirby-Bauer法比较，结合一致率、聚类分析和CLSI折点分类一致性评估替代培养基与MHA的性能差异。
可借鉴此比较评估框架，拓展至临床分离株或其他抗菌药物，验证本地条件下AST的可靠性，指导培养基选择或改进。
仅基于标准菌株，未纳入临床分离株，也未评估其他AST方法（如肉汤稀释法），外推至临床实际需谨慎。
AMR、耐药机制、耐药基因、抗菌药物管理和耐药监测。
该研究直接评估了VITEK2 AES与BIOART规则在法国流行病学背景下检测碳青霉烯酶产生菌（CPE）的性能，对优化临床耐药检测流程有直接指导意义。
利用VITEK2 AST结果结合高级专家系统（AES）进行CPE筛查，并应用BIOART专家规则对碳青霉烯酶类型进行分型预测；同时针对难检的OXA-244/484菌株设计了专用规则。
可借鉴此集成评估思路，将自动化表型检测与规则系统推广到其他耐药机制（如ESBL、mcr）的快速临床检测。
菌株来源于法国流行病学代表，可能不直接适用于其他地域；且对OXA-48-like和VIM生产者单类碳青霉烯酶正确分配率偏低（约54%-57%）。
首次系统阐明产气克雷伯菌通过OmpK36截断突变与诱导型AmpC协同导致碳青霉烯耐药，不依赖碳青霉烯酶，对临床耐药检测和抗菌药物管理有直接指导意义。
对连续分离的7株同源菌株进行全基因组测序、分子动力学模拟及表型筛选，证实OmpK36截断突变导致孔蛋白完全缺失，与诱导型AmpC形成“渗透屏障+酶水解”双重协同机制。
可借鉴孔蛋白缺陷与诱导型AmpC联合表型筛查策略，用于其他肠杆菌科碳青霉烯耐药的非碳青霉烯酶机制检测。
摘要未说明
该研究报道了一种新型碳青霉烯水解D类β-内酰胺酶OXA-1054，能对碳青霉烯及多数β-内酰胺/β-内酰胺酶抑制剂组合耐药，对临床耐药监测和药敏预测有直接指导意义。
结合全基因组测序（Illumina+PacBio）、克隆表达、酶动力学及抑制剂抑制活性分析，全面表征了新型OXA-1054的耐药谱、水解活性和质粒背景。
可借鉴其新酶发现与WGS结合生化的策略，用于其他耐药菌株的快速耐药机制解析与传播风险评估。
摘要未说明该酶在临床分离株中的流行率或传播风险。
揭示了奇异变形杆菌中耐药谱系特异性和基因型-表型不一致性，对临床耐药监测和检验有直接启示。
结合泛基因组分析、计算耐药基因预测和1,027株临床株的表型药敏测试，发现耐药基因谱具谱系特异性且移动元件驱动，但表型不完全由基因型决定。
类似的泛基因组+AST框架可用于其他临床病原菌的耐药基因组学监测和检验方法优化。
基因型-表型不一致仅基于部分抗生素，其他机制（如调控、外排泵）影响未完全阐明。
揭示临床常用粘菌素不充分暴露可能意外促进耐药进化的风险，为抗菌药物管理和耐药监测策略提供直接依据。
采用qPCR筛查+mcr-9阳性菌WGS+亚抑菌浓度粘菌素暴露实验，评估耐药表型出现、稳定性和可逆性，并分析PmrAB/PhoPQ通路突变。
可迁移此实验设计，评估其他抗菌药物（如多黏菌素、碳青霉烯类）在亚抑菌浓度下对携带不同耐药基因菌株的适应性耐药诱导能力。
为单中心住院患者粪便筛查，样本量有限（仅22个mcr-9阳性拭子），且耐药动态个体差异大，外推需谨慎。
提出KPC β-内酰胺酶家族标准化编号方案，直接解决变异体标注不一致问题，对临床耐药检测和学术交流有重要参考价值。
结合核苷酸与结构引导比对算法，辅以AlphaFold3建模，基于Ambler编号系统制定插入/缺失/替换的标准化注释流程。
可迁移至其他β-内酰胺酶家族或耐药基因的命名规范，提升耐药基因检测和报告的一致性。
摘要未说明局限，但方案基于现有数据库，新变异可能需持续更新。
直接比较三种新型β-内酰胺酶抑制剂组合对产碳青霉烯酶肠杆菌的活性，为临床药物选择提供体外数据。
利用重组大肠杆菌和WGS鉴定的临床菌株，系统评估ceftibuten联合avibactam、ledaborbactam、xeruborbactam对丝氨酸酶和金属β-内酰胺酶产生菌的活性。
可借鉴其组合活性评估流程，快速筛选其他新型抗生素组合对特定耐药菌株的体外效果。
研究为体外实验，未涉及体内药效和安全性，且结果受CLSI与EUCAST折点选择影响。
mNGS、WGS、nanopore、PCR、多重检测、分子分型和系统发育分析。
该文直击宏基因组从分类到功能分析的技术瓶颈，为临床mNGS深度和多重化设计提供直接优化指导。
指出高多重化比率导致低丰度基因随机丢失，推荐降低多重化、增加测序深度，并采用长读长或混合测序以获得菌株水平分辨率。
可借鉴其优化策略，调整临床mNGS的多重化与测序深度，提高耐药基因和低丰度病原体的功能检出率。
摘要未说明具体优化数值阈值及验证数据集规模。
通过2360株弯曲菌全基因组测序，展示了大规模WGS在实时监测循环菌株多样性、耐药机制及传播源中的高分辨率能力，是测序流行病学的典型案例。
利用全基因组测序结合源归因标记（如家禽、反刍动物肉）分析弯曲菌的耐药机制（包括新发现的β-内酰胺酶启动子）和传播链。
该大规模测序+流行学源归因框架可直接迁移至其他病原体（如沙门菌、大肠杆菌）的耐药监测和暴发溯源。
摘要未说明
该工具实现多重PCR联合ONT测序的实时可视化，可在几分钟内完成病原体检测，直接适用于临床微生物快速诊断和综合征监测。
基于RAMPART软件改编，集成实时数据可视化，动态追踪测序运行和扩增子覆盖，从原始数据到分类分配快速完成。
可迁移至临床实验室，用于血流感染、呼吸道感染等标本的快速病原体鉴定和暴发监测。
摘要未明确说明局限，但工具依赖ONT测序精度和多重PCR面板设计，可能受测序错误率影响。
该文介绍了ODIN项目如何通过标准化环境宏基因组监测和移动实验室系统，在资源有限地区实现近实时病原体检测和耐药监测，对临床微生物检验的现场快速检测和耐药监测有直接借鉴价值。
整合宏基因组学与移动实验室系统，建立标准化采样、生信流程和数据共享协议，实现跨环境病原体综合监测。
可将该标准化流程和移动实验室方案迁移至临床检验现场快速检测（如mNGS）和院内感染监测。
摘要未说明该项目的实际部署效果、成本效益及与传统方法的对比验证数据。
为选择高通量测序平台及整合跨平台数据提供大规模实证依据，尤其适用于临床微生物诊断中宏基因组方法学的标准化。
基于1351对配对粪便样本，系统比较MGI与NovaSeq平台的分类与功能谱，采用共享物种比例与多样性指数评估一致性。
临床微生物实验室在采用不同测序平台进行宏基因组诊断时，可参考本研究验证自身数据的跨平台可比性，特别关注功能分析时的批间差异。
功能差异可能源于文库构建等预测序协议，而非平台本身，临床应用中需标准化预分析流程。
肠道菌群、肺部微生物组、菌群失调、宿主免疫和代谢物。
综述聚焦AI驱动微生物组从描述到预测的转变，对微生物组诊断预测模型开发有重要参考价值
提出多组学和多队列整合策略，使微生物组研究超越描述性分析进入预测建模与假设生成
可直接借鉴多队列整合方法用于临床微生物组诊断预测模型的验证与泛化
摘要未说明具体模型实现细节，需结合其他文献了解技术实现
揭示肠道真菌与细菌代谢互作调控念珠菌感染的新机制，为微生态干预提供思路。
运用代谢组学和营养竞争分析，发现枝孢菌通过利用鸟氨酸限制白色念珠菌，而脆弱拟杆菌产苏氨酸助其逃逸。
为开发基于特定氨基酸限制的抗真菌策略或调节肠道微生态提供新靶点。
均为小鼠模型，需在临床标本中验证。