临床微生物与感染检验前沿｜2026-05-20

大样本（4801例）证实QIAstat-Dx胃肠道面板检出率42.3%，远高于培养（12.6%）和镜检（6.3%），且报告时间仅2.8小时，对优化实验室诊断流程有直接参考价值。

采用多重PCR同时检测23种胃肠病原体，与传统培养及镜检做头对头比较，评价检出率、一致性和周转时间。

该快速多病原体同步检测模式可直接迁移至呼吸道感染、血流感染等综合征诊断面板的性能评估与流程优化。

对沙门氏菌的阳性符合率较低（84.4%），可能与培养富集步骤有关，且成本效益未在文中分析。

基于1.6万余份标本8年数据，直接比较Kinyoun和金胺罗丹明染色在分枝杆菌检测中的诊断性能，特别是非结核分枝杆菌，为实验室选择提供依据。

回顾性研究，以培养为金标准，比较两种染色法的敏感性和特异性，并针对MTBC与NTM进行分层分析。

临床微生物实验室可依据本研究优化分枝杆菌涂片染色流程，尤其在NTM高发区考虑保留Kinyoun染色用于快生长分枝杆菌怀疑时。

单中心回顾性设计，金标准仅为培养，涂片阳性而培养阴性标本未纳入分析，可能低估灵敏度。

该评论概述了多组学研究如何揭示金黄色葡萄球菌在血清中的代谢和应激适应机制，有助于理解血流感染中病原体持续存活的潜在靶点。

整合转录组、蛋白质组和代谢组数据，比较5个临床菌株在血清与标准培养基中的适应性变化，并验证关键代谢和铁摄取基因的功能。

可借鉴其多组学整合策略，用于研究其他病原体在特定宿主环境（如尿液、肺液）中的存活机制。

本文为评论，未提供原始实验数据，具体结论需查阅原文献确认。

直接阐明抗生素使用、饮食、农业实践等生活方式因素如何影响肠道耐药基因的丰度与传播，为耐药监测和干预提供生态学视角。

系统综述了城市化进程中生活方式转变（如抗生素暴露、膳食纤维减少、人畜接触）对肠道微生物组及耐药组影响的研究证据。

可借鉴综述框架，指导临床样本耐药组监测中的生活方式协变量收集与多因素分析设计。

综述未提供原始数据分析，缺乏具体效应量或量化模型，需结合原始研究验证。

直接比较了StrainID（长读长扩增子）与短读长扩增子在唾液微生物组中的性能，证实StrainID在种水平和系统发育β多样性分析中更优。

StrainID通过扩增包含完整16S rRNA、ITS和部分23S rRNA的大片段核糖体操纵子，实现核糖体型分类，兼具高通量、低成本优势。

可迁移至临床感染样本的病原体菌株级鉴定，提高混合感染检测的分辨率和准确性。

摘要未说明，主要基于唾液样本，其他类型临床样本的性能需进一步验证。

该综述系统梳理了宏基因组数据中原核病毒分析的完整流程与常见挑战，为非专业者提供了实用指导，临床mNGS可借鉴优化病毒检测。

描述了从数据获取、预处理、质控到病毒表征及下游分析的典型工作流，并对比了各类工具与管线的适用场景。

临床mNGS实验室可参考此流程标准化病毒序列的识别、分型及抗性基因检测。

摘要未明确讨论不同方法在复杂临床样本（如低病毒载量、宿主核酸干扰）中的具体表现。

探讨生殖支原体16S rRNA变异与mgpB系统发育的关系，为临床分子分型提供参考。

采用16S rRNA与靶基因mgpB联合分析策略，关联变异模式与系统发育。

该方法可迁移至其他病原体的分子流行病学与分型研究。

作为Letter，可能数据有限，注意样本量和代表性。

揭示了单个宿主基因如何调控抗生素后微生物组恢复速度及耐药基因表达，为个性化微生态干预提供遗传学依据。

采用纵向多组学（16S、宏基因组、宏转录组）比较B4galnt2+/-与-/-小鼠经链霉素等处理后的微生物组动态。

研究方法可迁移至临床队列，用于分析宿主遗传变异对患者抗生素治疗后微生态恢复及耐药基因动态的影响。

基于小鼠模型，结论向人类外推需谨慎，且抗生素种类依赖性较强。

为肿瘤微生物组关联研究提供了严谨的数据可靠性验证框架，对临床微生物组数据分析有直接借鉴意义。

基于置换检验的多组学关联可靠性评估方法，并结合实验验证（口腔癌与链球菌共培养）确认功能。

可迁移至临床微生物组数据与宿主转录组、甲基化等数据的关联分析，帮助识别真实信号。

主要基于TCGA公共数据，分析结果可能受肿瘤类型和测序批次影响，需在临床队列中进一步验证。

尽管是动物模型，该方法通过纵向多组学与机器学习整合，系统描绘了疾病发生前的微生物-代谢动态变化，对临床寻找感染早期预警标志物具有方法学迁移价值。

整合16S rRNA测序、非靶向代谢组学与XGBoost模型，纵向分析出生至20天粪便样本，识别疾病标志物及微生物-代谢物互作。

可借鉴该纵向多组学+机器学习策略，用于临床感染患者的肠道/呼吸道微生物组动态监测及早期风险预测标志物发现。

研究对象为犊牛，直接转化至人类临床感染需考虑物种差异及验证。

首次明确咽鼓管功能障碍患者的中耳和鼻咽微生物配对特征，为感染性耳病的微生物组机制提供新视角。

采用16S rRNA基因测序和功能预测，配对采集慢性中耳炎患者中耳侧与鼻咽侧咽鼓管开口标本，分析微生物组成差异及潜在迁移。

此类配对取样设计可迁移至其他感染性疾病（如鼻窦炎-肺部感染、肠道-肝胆感染）的微生物组研究。

样本量较小（37例），功能预测基于16S数据，需宏基因组或培养验证；同时未纳入健康对照组。

提供了一种可迁移的预测模型，用于评估病原菌在肠道微生物组中的定植风险，对临床耐药菌感染预防有启发。

通过上清液实验量化物种间相互作用，参数化广义Lotka-Volterra模型，并成功预测大肠杆菌和卵形拟杆菌在10种合成群落中的入侵成功率。

可借鉴该方法构建临床肠道菌群对耐药菌（如CRE）定植抵抗力的预测模型。

合成群落显著简化了真实肠道微生态，未涵盖难培养菌、病毒及宿主免疫等因素。

该文为真菌-细菌互作研究提供了系统的理论和实践框架，尤其强调动态性和多尺度整合，对临床混合感染研究有重要方法学启发。

提出基于机制与系统方法的研究框架，避免依赖相关性或碎片化实践，注重从分子到生态系统的多变量时空动态。

可直接迁移至临床混合感染（如真菌与细菌共感染）的研究设计，指导实验方案和分析策略。

为纯理论综述，缺乏具体临床数据支撑，需后续实证验证。

揭示了不同种族儿童龋齿相关微生物组的功能和物种组成差异，为理解感染性疾病的微生物组异质性提供了新视角。

利用宏转录组学分析感染部位（龋齿菌斑）微生物基因表达和物种归因，发现核心致龋微生物存在但非核心菌群和功能活性因种族而异。

可迁移至其他感染微生态研究（如呼吸道、肠道感染），通过功能活性分析揭示不同人群微生物驱动的差异。

研究聚焦口腔龋齿，与临床微生物检验核心领域（如血培养、耐药性检测）直接关联较弱，龋齿并非急性感染。