临床微生物与感染检验前沿｜2026-05-14

该研究针对眼科感染样本量小、低接种物等挑战，提出将全基因组测序与表型检测整合，可提供谱系、耐药和毒力信息，有望降低治疗失败和视力丧失风险。

从纯培养进行靶向WGS，结合表型数据，进行谱系分析、耐药及毒力基因判定，用于指导经验性治疗、早期降级和监测高风险菌株。

可将此WGS辅助耐药谱系分析模式迁移到其他感染性疾病（如血流感染、呼吸道感染）的临床诊断流程中，实现精准治疗与耐药监测。

摘要未说明，但基于培养的WGS依赖可培养病原体，且需进一步验证临床获益和成本效益。

多地理来源菌株验证，特异性>95%，并提供首个注释谱图，提升耐药快检可靠性。

构建两套峰矩阵，集成4种ML算法与多模型组合，在435株临床株上训练，外部数据集验证。

该集成学习与峰注释策略可推广至其他病原体耐药标志物的MALDI-TOF快速检测。

敏感性仅72%，可能受光谱采集技术差异影响。

该研究报道了纽约地区三种皮肤癣菌的快速蔓延，并建立了整合深度学习鉴定、药敏试验和全基因组测序的检测流程，对临床微生物实验室应对新发病原体暴发具有直接参考价值。

基于ITS序列的深度学习自动分类模型可快速区分28种基因型，结合体外抗真菌药敏试验和全基因组测序进行克隆传播与独立引入分析。

该深度学习鉴定框架可迁移至其他病原体（如细菌、非白念珠菌）的快速基因分型和耐药型预测，提升临床微生物实验室的高通量鉴定能力。

摘要未说明主要局限，但样本仅来自纽约地区，结论外推需考虑地理和人群异质性。

直接讨论临床常用MRSA鼻拭子检测在万古霉素降阶梯治疗中的应用，涉及抗菌药物管理的核心实践问题，具有直接临床指导价值。

利用MRSA鼻拭子核酸扩增检测的高阴性预测值，在非肺炎感染中辅助万古霉素降阶梯决策。

可将鼻拭子筛查结果整合到抗菌药物管理流程中，作为减少万古霉素过度使用的快速工具。

检测获FDA批准用于定植筛查而非治疗决策，其在不同感染类型中的预测价值尚未充分验证。

聚焦新生儿Kp血流感染，通过WGS揭示高ESBL耐药率及院内传播和肠道-血流转位，为非洲新生儿病房感染控制提供直接证据。

采用Illumina全基因组测序联合Kleborate工具进行MLST、血清型、耐药及毒力基因注释，并进行系统发育聚类分析。

可借鉴其WGS分子流行病学方法用于院内AMR监测、传播链追踪及感染控制策略评估。

单中心回顾性设计，样本量较小（41株），结果外推性需谨慎。

该研究提供了2010-2024年全球及WHO区域下呼吸道感染病原菌耐药率及时间趋势，为临床经验用药和AMR监测提供了关键参考数据。

采用多水平随机效应荟萃分析，系统整合51国336,389株呼吸道分离株的耐药数据，并对比社区获得性与医院获得性感染的耐药率差异。

可借鉴其荟萃分析框架整合本地或医院内部耐药监测数据，识别耐药变化规律并优化经验性抗感染方案。

纳入研究限于医疗机构培养确诊的病例，可能低估社区轻症或未送检病例的耐药负荷；数据主要来自已发表文献，存在发表偏倚风险。

该研究开发了基于7个高度变异基因的MLST分型系统，可直接用于临床样本，整合大环内酯类耐药突变检测，为梅毒等密螺旋体病的全球监测提供了快速、经济的工具。

从121株全基因组中筛选出7个高变基因，设计单步PCR MLST分型方案，并结合23S rRNA耐药突变分析，在542份样本中验证出82个序列型。

该思路（多基因MLST+耐药标记）可迁移至其他难以培养或样本稀缺的病原体，如分枝杆菌、厌氧菌等，实现低成本分子分型与耐药监测。

摘要未说明该方案在低菌量样本（如血清）中的灵敏度及不同实验室间的标准化效果。

展示了分子分型在肠道原虫暴发溯源和公共卫生响应中的价值，方法可迁移至其他病原体监测。

整合SSU/gp60/tpi测序与流行病学元数据的分子监测框架，用于识别新型亚型和暴发相关谱系。

可借鉴其分子监测框架，用于临床耐药菌或院内感染的暴发识别与传播路径解析。

摘要未说明该方法对低载量样本或混合感染的敏感性，且样本量中隐孢子虫阳性率仅约10%。

该方法可直接迁移至细菌（如CRE、MRSA）耐药基因的时空监测，为医院感染防控提供类似证据。

采用靶向扩增子深度测序，对加纳2018-2023年儿童疟原虫样本的多个耐药基因标记进行大规模、高分辨率时空分析。

临床微生物实验室可借鉴该方案，对重点耐药基因（如blaKPC、mecA）持续监测其传播趋势。

研究针对疟原虫，迁移至细菌需重新验证引物特异性及样本处理流程。

为感染控制决策提供成本效益比较，帮助选择持续监测或暴发触发测序策略。

基于文献综述和情景灵敏度分析的全球经济视角，比较全面基因组监测与暴发触发测序的长期成本节省。

可用于指导医院或公共卫生机构根据预算和疫情风险制定测序策略。

摘要未说明具体局限，但成本模型依赖假设，缺乏真实世界验证。

提供了基于WGS的C. auris医院传播检测实用SNP阈值和耐药基因型标志，对感染防控和临床耐药预测有直接指导价值。

对68株C. auris分离株进行全基因组测序，通过MycoSNP分析定义患者内最大SNP变异为14个，基于流行病学联系识别5个可能传播簇；同时检测耐药基因型标志（如ERG11、FKS1、FUR1突变）。

该方法可推广至其他医院感染病原体（如MRSA、CRE）的传播监测和耐药预测，辅助感染控制决策。

摘要未说明

该研究对新兴机会病原体摩氏摩根菌进行全面基因组分析，揭示可移动遗传元件驱动耐药基因与毒力因子传播的机制，为临床感染监测提供新视角。

采用全基因组测序和泛基因组分析方法，整合细菌耐药组、移动组和毒素-抗毒素系统，识别核心基因与可移动遗传元件上的毒力与耐药决定簇。

可借鉴其泛基因组与可移动遗传元件分析框架，用于其他新兴耐药病原体的基因组流行病学研究和感染暴发溯源。

本研究中毒素-抗毒素系统的功能验证尚未开展，其与菌株适应性和耐药性的因果关系需进一步实验证实。

系统调查中国-缅甸边境急性发热患者虫媒病毒谱，发现DENV、CHIKV、ZIKV共循环并重建全球传播路径，对跨境监测与预警有重要价值。

使用宏基因组测序对990例患者血清进行病原体检测，结合PCR与病毒分离验证，并通过贝叶斯时空分析重建CHIKV全球传播链。

该宏基因组+系统发育与时空分析方法可直接迁移至院内感染暴发溯源或多病原体共循环监测。

宏基因组测序对低丰度病原检测灵敏度及PCR确认阈值未详细说明，可能影响对低病毒载量病例的发现。

该研究在控制遗传和饮食变异下，系统整合宏基因组、宏转录组与宿主转录组，构建高精度机器学习模型预测年龄和体重，为临床微生物组诊断与感染风险预测提供了可迁移的多组学整合建模框架。

采集232只BXD小鼠（175个队列，43种基因型、4个年龄、2种饮食）的盲肠宏基因组、宏转录组和宿主转录组数据，利用机器学习（如随机森林）基于微生物特征预测体重（AUC=0.84）和年龄（AUC=0.84，整合肝脏蛋白组后达0.95）。

可借鉴其多组学特征筛选与集成建模策略，应用于临床血流感染、耐药菌定植或脓毒症预后的微生物组预测模型构建。

研究基于小鼠模型，人类微生物组受更多混杂因素影响，且模型未在独立人类队列中外部验证。

该研究采用浅层宏基因组与18S rRNA测序，对10名农村婴儿从1月到18月逐月采样，提供了低资源环境下早期肠道微生物组（细菌与真核微生物）发育的精细图谱，是双界纵向分析的范例。

核心方法：浅层宏基因组测序结合18S rRNA基因测序，分析细菌和真核微生物的双界组成及互作网络，并纳入年龄、分娩方式、动物接触等环境因素。

可借鉴其双界纵向分析设计，用于研究感染（如真菌性脓毒症）宿主微生物组动态变化及环境暴露对感染风险的影响。

样本量小（10名婴儿），且为健康农村婴儿，直接临床感染关联较弱，方法迁移至感染队列需考虑人群和疾病因素。

直接解决临床微生物实验室革兰染色耗时、依赖人工的痛点，提出无需光学对焦的全新成像方案，大幅提升流程自动化潜力。

数字全息显微镜用多光谱相干光代替传统透镜扫描玻片，快速采集50%玻片区域的图像数据，再通过AI重建为全彩图像，无需机械对焦。

该无透镜成像与AI解读思路可迁移至其他微生物形态学检测（如菌落识别、真菌丝或寄生虫卵）及自动化流水线整合。

摘要未说明在多种菌种、混合感染及真实临床样本中的大规模验证结果，需注意其判读准确性和速度的可靠性。